O curso de Mestrado no HCTE tem como principal atividade a produção de uma dissertação que demonstre proficiência em determinado campo de História das Ciências e das Técnicas e Epistemologia. Durante o curso o aluno deverá cursar um mínimo de 360 horas de aula e defender a sua dissertação perante uma banca composta por doutores.
Uma diferença significativa entre os cursos de Mestrado e Doutorado está na necessidade dos alunos do mestrado em dedicar parte significativa de sua carga horária às disciplinas, combinado ao tempo regulamentar reduzido deste curso.
O estudante do Mestrado, em geral, requer orientação especial para a consolidação de conhecimentos básicos, como metodologias e teorias de pesquisa, de forma a não se perder diante do amplo espectro de possibilidades de endereçamento de pesquisa que lhe é apresentado e que representa característica constitutiva de um programa inter/transdisciplinar como o HCTE. A conclusão do curso, com a defesa da dissertação perante a banca examinadora, deve acontecer num prazo máximo de 30 meses a contar da data de ingresso no curso.*
(*) prorrogáveis por mais até 6 meses, mediante solicitação justificada, cronograma de conclusão e aprovação explícita da Comissão Deliberativa do HCTE, e reservada a estudantes que estão em fase de consolidação de resultados de pesquisa.